De algemene leiding van de scholengemeenschap ligt in de handen van het beheerscomité.

Namens de gemeenten wordt telkens één vertegenwoordiger aangeduid door de gemeenteraad uit het college van burgemeester en schepenen, bij voorkeur de schepen van onderwijs. Daarnaast ook telkens één plaatsvervangend lid die deel uitmaakt van de gemeenteraad en het effectief lid bij zijn of haar afwezigheid vervangt.. 

Namens het autonome schoolbestuur De Kleine Prins wordt de ondervoorzitter als effectief lid aangeduid, alsmede een plaatsvervangt lid dat deel uitmaakt van het schoolbestuur en het effectief lid vervangt bij zijn of haar afwezigheid.

De bevoegdheden van het beheerstcomité zijn vastgelegd in de samenwerkingsovereenkomst (2014-2020).

In het huidige beheerscomité zetelen de volgende effectieve leden:

  • Voor het stadsbestuur Menen: mevrouw Griet Vanryckegem, schepen van onderwijs, voorzitter
  • Voor het gemeentebestuur Wevelgem: de heer Geert Breughe, schepen van onderwijs
  • Voor het autonome bestuur van de Kleine Prins: mevrouw Katrien Dewancker.

De directeurs wonen de vergaderingen van het beheerscomité regelmatig bij als technici.